dimanche 20 avril 2008

Séminaires

2014

jeudi 18 septembre 2014 (IHPST)
Michel Morange (Université Paris 6, Ecole Normale Supérieure)
Dynamique historique et enjeux philosophiques dans les sciences du vivant



2013 

lundi 16 décembre 2013 (IHPST)
Séminaire Philmed-3 : L'analyse des concepts de santé et de maladie est-elle encore pertinente ? (part 2)

mercredi 11 décembre 2013 (Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne)
Laurent Bove (Université de Picardie Jules Verne)
Camus au-delà de Camus. L’Étranger au risque du spinozisme

mardi 10 décembre 2013 (IHPST)
John Matthewson (Massey Univ., New Zealand & Univ. of Sydney, Australia)
Adaptationism and the evolutionary medicine revolution 

jeudi 14 novembre 2013 (IHPST)
Séminaire Philmed-2 : L'analyse philosophique des concepts de santé et de maladie est-elle toujours pertinente (partie 1) ?

vendredi 8 novembre 2013 (Institut Pasteur)
Ruslan Medzhitov (Howard Hughes Medical Institute & Yale University Medical School, New Haven, USA) 
Host Defense Strategies

mercredi 23 octobre 2013  (Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne)
Julie Henry (ENS-Lyon)
De l’anthropologie spinoziste à l’éthique en santé ... et retour !

mardi 22 octobre 2013  (Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne)
Nicolas Bouteloup (Paris 1)
En quoi la philosophie de Spinoza est utile à la vie ?
Atelier de lecture Spinoza (Éthique, II, 49, scolie

jeudi 17 octobre 2013 (IHPST)
Jean Deutsch (UPMC, Paris 6)
La crise actuelle du concept moléculaire du gène

Lundi 14 octobre 2013 (IHPST)
Séminaire Philmed-1 : Compte rendu de l'International Advanced Seminar in Philosophy of Medicine (Paris, juin 2013)

jeudi 19 septembre 2013 (IHPST)
Jean Gayon (IHPST) 
Peut-on et doit-on définir la vie ?

jeudi 13 juin 2013 (IHPST)
Pierre Golstein (Centre d'Immunologie de Marseille-Luminy)
Le protiste Dictyostelium : un excellent modèle d'étude du développement, de la mort cellulaire et de possibles molécules immunitaires

jeudi 23 mai 2013 (IHPST)
Antonio Freitas (Institut Pasteur)
The immune system: the s(c)ensor model

jeudi 28 février 2013 (IHPST)
Philippe Kourilsky (Collège de France)
Réflexions sur la complexité dans le système immunitaire - et ailleurs 

jeudi 21 février 2013 (IHPST)
Leïla Périé (Division of Immunology, The Netherlands Cancer Institute, Amsterdam & Theoretical Biology and Bioinformatics, Utrecht University, Utrecht, NL) 
L'hématopoïèse à l'échelle unicellulaire : changer d'échelle et de regard sur un processus biologique grâce au code-barre cellulaire


2012 

mercredi 24 octobre 2012 (IHPST)
Louis Du Pasquier (Institut de Zoologie, Biologie évolutionnaire, Université de Bâle, Suisse)
Evolution des systèmes immunitaires chez les Métazoaires : analogies et homologies

jeudi 21 juin 2012 (IHPST)
Philippe Sansonetti (Collège de France)
Être ou ne pas être un pathogène, voilà la question...

mardi 13 mars 2012 (IHPST)
Ed Cohen (Université de Rutgers, USA)
If immunity doesn't exist is it still real? or, a vital paradox

lundi 13 février 2012 (Collège de France)
Philippe Kourilsky (Collège de France)
Leçon de clôture : L'avenir de l'immunologie et de ses applications

mercredi 8 février 2012 (Collège de France)
Claudine Tiercelin (Collège de France)
La connaissance métaphysique de la nature

lundi 6 février 2012
(Collège de France)
Philippe Kourilsky (Collège de France)
La discrimination entre le soi et le non-soi
L'intégration du système immunitaire dans l'organisme

lundi 30 janvier 2012 (Collège de France)
Philippe Kourilsky (Collège de France)
L'inflammation

Trafics cellulaires et rencontres spécifiques


jeudi 26 janvier 2012
(IHPST)
Marc Daëron (Institut Pasteur)
Des anticorps, à quoi bon ?
 
jeudi 19 janvier 2012
(Collège de France)
Philippe Sansonetti (Collège de France)
Subversion du cytosquelette cellulaire par les virus

lundi 16 janvier 2012
(Collège de France)
Philippe Kourilsky (Collège de France)
Immunité : le hasard et la spécificité. (1) Introduction. La réaction antigène-anticorps.

2011

jeudi 8 décembre 2011 (Collège de France)
Philippe Sansonetti (Collège de France)
Contrôle du cytosquelette cellulaire par les pathogènes : invasion et motilité

jeudi 20 octobre 2011
(IHPST)
Eugene Koonin (National Center for Biotechnology Information, NIH, Bethesda, USA)
CRISPR: adaptive immunity system in Bacteria and Archaea and a paragon of Lamarckian evolution

The CRISPR-Cas adaptive immunity system is present in nearly all Archaea and about half of Bacteria. This system consists of arrays of Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) and suits of CRISPR-ASsociated (cas) genes; the CRISPR cassettes contains unique spacers about 40 basepairs in length within each repeat unit. Some of the spacers are identical to fragments of viral or plasmid genes. It has been shown that the Cas proteins provided enzymatic activities that are required for utilization of the spacer transcripts as guide RNAs to cleave and inactivate the cognate alien DNA and in some cases possibly mRNA. The CRISPR-Cas systems are encoded by operons that have an extraordinarily diverse architecture and a high rate of evolution for both the cas genes and the unique spacer content. Two complementary approaches to the study of CRISPR evolution will be presented. First, comprehensive analysis of the sequences and structures of Cas proteins using the most sensitive methods of computational analysis yielded a simple scenario for the origin and evolution of the CRISPR-Cas systems that implies the origin of prokaryotic adaptive immunity in thermophilic Archaea. Second, a mathematical model based on a cost-benefit analysis of the CRISPR-Cas system in the course of its coevolution with viromes of varying diversity was developed. Exploration of the parameter space of this model shows that selection prevents the loss of the CRISPR-Cas system within an interval of moderate viral diversity. At both very low and very high viral diversity, CRISPR-Cas systems become practically useless for bacteria and archaea, and are lost due to their intrinsic cost. The CRISPR-Cas system that incorporate new information into a genome in response to environmental cues seem to present a case of bona fide Lamarckian evolution.


jeudi 22 septembre 2011
(IHPST)
Michel Morange (Centre Cavailles de l’ENS, l’Université Paris 6)
La dimension historique de la vie

La difficile articulation entre la biologie dite « fonctionnelle » et la biologie évolutionnaire a été maintes fois décrite, ainsi que les efforts actuels visant à rapprocher ces deux branches de la biologie. Mon objectif sera d’explorer la dimension historique de la vie, et sa difficile reconnaissance par les sciences du vivant, à travers quatre questions. Que signifie « la dimension historique de la vie » ? En quoi l’histoire de la biologie a-t-elle rendu plus difficile la reconnaissance de la dimension historique du vivant ? Cette reconnaissance peut-elle aider les biologistes à résoudre un certain nombre des difficultés auxquelles ils se heurtent aujourd’hui ? Pourquoi est-il si difficile de répondre à la question « Qu’est-ce que la vie ? », et en quoi la prise en compte de la dimension historique de la vie peut-elle aider ?


jeudi 8 septembre 2011 (IHPST)
Joachim Kurtz (University of Münster)
The evolutionary ecology of phenotypic flexibility in invertebrate immunity

In the coevolutionary arms race with parasites, hosts may make use of phenotypically flexible and often highly specific immune defences to cope with fast evolving parasites. It was long assumed that such adaptive immunity is restricted to vertebrate species. However, a number of recent studies indicate that invertebrates have evolved similar, yet mechanistically different ways of so-called immune priming. I will present work investigating the degree of such priming and its specificity, focusing on our work in the red flour beetle Tribolium castaneum. This species even shows transfer of immunological priming across generations. Moreover, a kind of external immunity may protect beetles through a modification of the microbial environment. The evolutionary relevance of such phenotypic flexibility and potentially underlying mechanisms will be discussed.


vendredi 1 juillet 2011 (IHPST)
Bartlomiej Swiatczak (European School of Molecular Medicine, Milan, Italy)
Modular architecture of immune recognition in the gut

There are several key features that distinguish perceptual recognition from mere sensation. They include the capacity to isolate an object from its background, the power to ignore changes in the viewpoint and the ability to tolerate certain changes in the form of the object. Similar abilities are needed by the immune system to recognize pathogens and to calibrate responses in the gut. The classical view of immune recognition cannot accommodate this fact.

I shall make reference to recent experimental work in mucosal immunology to argue that immune recognition is an outcome of a complex decision-making process at the systems level. It is performed collectively by many different types of cells and molecules and involves functional modules analyzing structural and contextual features of the detected microbes. I shall explain how defects in this complex recognition machinery can lead to chronic immune misrecognition in the form of inflammatory bowel disease.

The observation that immune system exploits complex modular mechanisms provokes fundamental philosophical questions. One is the question of whether it is possible to give an account of such mechanisms in molecular and cellular terms exclusively or it is necessary to zoom out to larger scales to identify them. I shall address this problem making reference to the reductionism/antireductionism debate in philosophy of biology.

Discutant : Gérard Eberl (Directeur de l'unité Développement des tissus lymphoïdes, Institut Pasteur, Paris)


vendredi 27 mai 2011 (ISC-PIF)
" Différentes facettes de la complexité du vivant "
Evelyn Fox Keller (MIT)What is special about biological complexity?
Annick Lesne (CNRS/Université Paris 6)
Complexity of living systems : multiscale organization and robustness

jeudi 26 mai 2011
(Institut Pasteur)
Katsuhiko Mikoshiba (Riken)
IP3 ligand-gated Ca2+ channel: gating mechanism and ER stress-induced brain damage

vendredi 13 mai 2011
(IHPST)
Hugues Bersini (Université libre de Bruxelles)
L'immunologie est-elle trop centrée sur la notion d'antigène ? L'héritage de Francisco Varela

Many years ago, a group of researchers led by Francisco Varela and Antonio Coutinho were proposing an alternative vision of the immune system main behavior and function. I was the computer scientist of this group, aiming at illustrating their position by a succession of software models. This new vision saw the immune system not as behaving distinctively according to any dichotomy imposed a priori and coming from the outside world (the self-recognition vision), but rather in a way largely defined from inside the system (the self-assertion vision). They plead for substituting a “linear-causality” with a “circular-causality” in which the meaning of a given antigen is governed by the complex interplay of the endogenous and exogenous contexts in which it appears. I will discuss why the set of the antigenic attributes is one part of the problem, the state and the history of the system since its appearance being the other key part and definitely not something easy to discriminate upon. I will illustrate my position by means of very simple software models. Varela has impacted the numerous different scientific fields he was interested in by systematically substituting a linear way of thinking with a circular “ying yang” one. Beyond immunology, in cognitive sciences, he attacked again the importance of the external world in the representational capacity of cognitive systems (stressing for instance the importance of re-entrant connections in the brain). In assimilating minimal living organisms to autopoietic systems, he was the first to insist that the surrounding membrane should be endogenously produced by the elements and the reactions making up the network (for example lipids would come from the reactions of the network themselves) but would in return promotes the emergence and self-maintenance of the network. This cogeneration of the membrane and the metabolic network is a further instance of this circular causality. And finally, he surprisingly rejected a bottom-up but defended instead a top-down circular vision of “emergent phenomena”, in which whatever emerges will do so because having a feedback influence on the non-linear relationships grounding the emerging phenomenon.

mardi 12 avril 2011 (IHPST)
Eric Vivier (CIML, Marseille)
Immunité innée ou adaptative ? L'exemple des cellules NK

Les cellules Natural killer (NK) ont été initialement définies comme lymphocytes effecteurs de l'immunité innée dotées de fonctions constitutives cytolytiques. Plus récemment, une vision plus nuancée des cellules NK a émergé. Les cellules NK sont maintenant reconnues comme exprimant un répertoire d'activation et de récepteurs inhibiteurs qui est étalonné pour assurer la tolérance au soi, tout en permettant l'efficacité contre les infections et le développement des tumeurs. En outre, les cellules NK ne réagissent pas de manière invariante mais s'adaptent à leur environnement. Enfin, des études récentes ont dévoilé que les cellules NK peuvent également monter une forme de mémoire immunologique spécifique de l'antigène. Ainsi, les cellules NK exercent des fonctions sophistiquées biologiques sophistiquées qui ont des attributs de l'immunité innée et adaptative, brouillant les frontières fonctionnelles entre ces deux branches de la réponse immunitaire.

vendredi 8 avril 2011 (IHPST)
Marcel Weber (Univ. Constanz)
Causation and information in biology, or biological counterfactuals

mercredi 16 mars 2011 (Univ. Paris Diderot)
Bernard Besnier (SPHERE)
Les deux thèses soutenues par J.T. Desanti en 1968

mercredi 16 mars 2011
(Univ. Paris Diderot)
Niccolò Guicciardini (Università degli Studi di Bergamo)
Reading "Revisiting Accepted Science: The Indispensability of the History of Science” by George E. Smith (The Monist 93: 545–579, 2010)

vendredi 11 mars 2011
(IHPST)
John Dupré (Exeter University)
Extracting things from biological process

Life consists of a hierarchy of processes: metabolism, ontogeny, evolution. Yet we tend to describe it in terms of individual things with fixed properties, for example, organisms, cells, molecules. To what extent does this distort our conception of life? Is there a unique or privileged set of things that make up biological processes or are there, rather, a variety of different ways that we can abstract individual things? I shall suggest that while there are real boundaries or discontinuities within biological processes that provide a kind of objective reality to many of the things we abstract, we should not assume that there is a privileged set of such boundaries. Different biological investigations may require different discriminations of biological individuals, a thesis I refer to as promiscuous individualism.

mercredi 2 mars 2011 (Univ. Paris Diderot)
Jean-Jacques Szczeciniarz (SPHERE/Paris 7)
Comment comprendre l’expression "épistémologie historique"

mardi 22 f
évrier 2011 (IHPST)Michel Morange (ENS/Université de Paris 6)
L'usage des métaphores en immunologie

Une métaphore consiste dans le remplacement d’un mot (ou d’une phrase) par un autre mot (ou une autre phrase), déjà utilisé dans un autre domaine de connaissances ou d’action. Ce mot ou cette phrase seront choisis pour susciter immédiatement l’intérêt de l’auditeur. Les métaphores sont omniprésentes dans les écrits des « biologistes » depuis les premiers pas d’une science du vivant dans l’antiquité. Cette présence peut être expliquée de quatre manières : comme le résidu d’une époque où l’explication par analogie était dominante ; la conséquence du fait que les mots sont rares, et qu’il faut bien recycler des mots déjà utilisés ; comme un moyen d’illustrer et de faire connaître des connaissances acquises sans elles ; ou comme des outils indispensables à la production de connaissances biologiques. L’usage toujours aussi important des métaphores au XXIe siècle, en particulier en immunologie, suggère que seules l’une ou l’autre des deux dernières explications (ou les deux) sont valables. A partir de plusieurs exemples récents nous privilégierons l’hypothèse que la métaphore est un outil de production de connaissances scientifiques. La force des métaphores peut aussi constituer leur faiblesse : elles permettent de rassembler artificiellement des points de vue différents, et d’occulter les limites des théories et des modèles proposés.

mardi 18 janvier 2011
(IHPST)
Jules Hoffmann (Univ. de Strasbourg)
Phylogenèse de la réponse immunitaire : Etudes sur le modèle Drosophile

Tous les organismes disposent de puissantes réactions de défense contre les infections microbiennes. Pour plus de 90 % des espèces animales, ces défenses relèvent de mécanismes dits innés. Chez les Vertébrés (moins de 10 % des espèces) s’ajoutent à ces mécanismes innés, des défenses appelées adaptatives, basées notamment sur la génération chez chaque individu d’un vaste répertoire de récepteurs dans les lymphocytes B et T. On sait aujourd’hui que les défenses adaptatives requièrent une activation provenant des cellules de l’immunité innée. Au cours des 20 dernières années, nos connaissances sur les molécules impliquées dans les deux types de l’immunité ont fait des progrès considérables. L’exposé s’efforcera de montrer la démarche des travaux qui ont abouti à nos connaissances actuelles de l’immunité innée, et insistera sur l’apport inattendu de la génétique moléculaire de la mouche du vinaigre à notre compréhension de la reconnaissance des agents infectieux dans le monde animal. Un schéma final proposera les voies évolutives ayant mené à la situation que nous trouvons actuellement dans les défenses immunitaires des divers groupes zoologiques.

jeudi 13 janvier 2011
(Collège de France)
Philippe Sansonetti (Collège de France)
La barrière cutanée, l’autre grande interface avec le monde microbien, commensalisme et pathogénicité

2010

jeudi 16 décembre 2010 (Collège de France)
Philippe Sansonetti (Collège de France)
"La barrière intestinale, rupture, invasion et destruction inflammatoire par les pathogènes"

mercredi 15 décembre 2010 (IHPST)
Anthony De Tomaso (University of California, Santa Barbara, USA)
"Allorecognition in a basal chordate: education, tolerance, and the origins of missing-self recognition"

jeudi 9 décembre 2010
(Collège de France)
Philippe Sansonetti (Collège de France)
"Une barrière au cœur de l'émergence infectieuse, la barrière d'espèce"

lundi 29 novembre 2010 (IHPST)
David Napier (University College London)
"Non-self help: How immunology might reframe the enlightenment"


merdredi 20 octobre 2010 (IHPST)
Kenneth Schaffner (University of Pittsburg, USA)
"Behavioral and psychiatric genetics: How blank is the Blank Slate?"

mercredi 20 octobre 2010 (IHPST)Carla Saleh (Institut Pasteur)
"RNAi-mediated viral immunity in insects"

vendredi 1 octobre 2010
(Institut Pasteur)
Benedita Rocha (Hôpital Necker)
"The role of the gut as a primary lymphoid organ"


mercredi 29 septembre 2010
(IHPST)
Anne Marie Moulin (CNRS)
"Soi et non-soi ou les silences de l'organisme"


mardi 28 septembre 2010 (IHPST)
Alan Love (University of Minnesota, USA)
"Sciences without theories: structure problems in developmental biology"

vendredi 24 septembre 2010 (Université Paris Diderot)
Sir Richard Roberts (New England Biolabs, USA)
"Life before and after the Nobel prize"

vendredi 24 septembre 2010
(IHPST)
Pierre-Alain Braillard (Université de Kyoto, Japon)
"Vers une intégration de la stochasticité et du contrôle génétique dans les modèles du développement" 

vendredi 21 mai 2010 (Institut Cochin)
Irun Cohen (Weizmann Institute of Science, Israël)
"The Immunological Homunculus and Immune Body Maintenance"

jeudi 6 mai 2010 (Institut des Systèmes Complexes)
Michael Lässig (University of Cologne, Germany)
"Molecular evolution in fitness landscapes and seascapes"
 


mardi 4 mai 2010 (ENS)
Michael Strevens (New York Univ, USA)
"Why think causally?"
 


vendredi 30 avril 2010 (Institut Pasteur) 
Thomas Boehm (Max-Planck Institute of Immunobiology, Freiburg, Germany)
"Evolution of thymopoiesis in vertebrates"


jeudi 29 avril 2010
(Institut Pasteur)

 Etienne Hirsch (Hôpital Pitié-Salpêtrière)
"Neuroinflammatory processes in Parkinsons's disease"


mardi 27 avril 2010
(Institut Pasteur)
Harald von Boehmer (Dana Farber Cancer Institute, Boston)
"
Prevention of type 1 diabetes by Treg vaccination with an insulin mimetope"
 

vendredi 16 avril 2010 (Institut Pasteur)
André Veillette (Institut de Recherche Clinique de Montréal, Canada)
"Immune regulation by the SLAM-SAP pathways"

 

jeudi 15 avril 2010 (IHPST)
Richard Michod (Univ Arizona, USA)
"Cooperation and conflict mediation during the evolution of multicellularity: origins of programmed cell death"

lundi 12 avril 2010 (IHPST)
William Bechtel (UCSD, USA)
"Thinking dynamically about biological mechanisms: Explaining circadian rhythms"

vendredi 9 avril 2010 (Institut Pasteur)
Claire-Anne Siegrist (Univ Genève, Suisse)
"Neonatal vaccinology: an adaptation to evolution ?"

vendredi 2 avril 2010 (Institut Pasteur)
Stephanie Eisenbarth (Yale Univ, USA)
"Answering an 80-year-old question: aluminum hydroxide and the regulation of vaccine immunity"

vendredi 19 mars 2010 (Institut Pasteur)
Jürgen Wienands (Georg August University Göttingen, Germany)
"Activation signals for naïve and class-switched memory B cells"

vendredi 12 février 2010 (Institut Pasteur)
Olivier Lantz (Institut Curie)
"Mucosa associated invariant T-cells: ontogeny & function"

jeudi 28 janvier 2010 (Collège de France)
Philippe Sansonetti (Collège de France)

"Fonctions métaboliques de la flore intestinale"

jeudi 21 janvier 2010 (Collège de France)
Philippe Sansonetti (Collège de France)


"Homéostasie de l’interface hôte-commensaux : furtivité et/ou tolérogénèse active ?"

mardi 19 janvier 2010 (IHPST)
Mireille Viguier (Hôpital Cochin)

"La notion de danger en immunologie"
 


Résumé : Après avoir longtemps reconnu le système immunitaire comme un système de défense contre les pathogènes infectieux, une notion plus récente (1994!), introduite sous le terme de théorie du danger, a proposé un rôle de ce système dans le maintien de l'intégrité de l'organisme.

Les tous premiers éléments de connaissance sur la réaction immunitaire suggéraient que le système disposait de récepteurs (essentiellement en référence aux récepteurs de la réaction adaptative) susceptibles de discriminer "le soi et le non soi" tout en préservant de l'autoréactivité (théorie de "l'horror autotoxicus" Ehrlich). Selon ces notions le système immunitaire était entièrement voué à la défense contre les pathogènes infectieux. Les connaissances accumulées sur les récepteurs spécifiques d'antigène (Ig, TcR, MHC) (tolérance par Kappler et Marrack) et les récepteurs des motifs moléculaires associés aux pathogènes (TLR...)(Janeway) ont longtemps imprégné la perception des mécanismes de la reconnaissance et réaction immunitaire comme étant ciblés sur ces pathogènes infectieux. La découverte des signaux secondaires nécessaires, au delà de la reconnaissance, pour l'engagement d'une réaction immunitaire adaptative a alors préparé à la notion de nécessité pour le déclenchement d'une réaction immunitaire effective de la perception simultanée de la présence du pathogène et de l'état pathologique généré.

Sur cette base, Polly Matzinger proposait au début de 1990 qu'il existerait sur les cellules de la réponse immunitaire naturelle des récepteurs susceptibles de discriminer une situation dangereuse ou pathogène (théorie du danger) d'une situation non pathogène (microbe commensal, latent, tumeur primaire non invasive ???). Ces récepteurs pourraient d'ailleurs être entre autre les Pattern Recognition Receptor reconnus par Janeway. Elle a ensuite proposé qu'un élément structural majeur de cette reconnaissance serait l'hydrophobicité des déterminants reconnus par les récepteurs de danger (Matzinger 2004).

Des données expérimentales se sont accumulées au cours des 20 dernières années en faveur de cette reconnaissance immunitaire de l'état de danger d'une cellule ou d'un tissu. En particulier, dans le domaine de la prise en charge naturelle de la mort cellulaire par nécrose et apoptose. On reconnait ainsi des récepteurs de type TLR, scavenger et d'autres qui reconnaissent et peuvent discriminer non pas la présence d'un agent infectieux ou toxique (chimiothérapie, antibiothérapie, autres...) mais leur effet pathogène sur la cellule ou le tissu cible.

Plus récemment, des éléments ont été dévoilés sur les systèmes de reconnaissance et de réactions immunitaire pour les anomalies de l'état métabolique ou du cycle cellulaire d'une cellule ou d'un tissu. Ce sont par exemple les systèmes de l'inflammasome et des récepteurs des lymphocytes gamma delta ou NKT.

Le système immunitaire intègrerait à l'échelle de la cellule individuelle, comme dans le tissu des signaux sur l'état infectieux, tumoral ou métabolique qui seraient éventuellement à l'origine d'une réaction, tolérance ou indifférence immunitaire.

Lectures recommandées :
- Matzinger, Polly [2002], The Danger Model : A Renewed Sense of Self, Science 296, 301-305.
- Vance, Russell E. [2000], A Copernician Revolution ? Doubts About the Danger Theory, The Journal of Immunology 165, 1725-1728.

 
vendredi 15 janvier 2010 (Institut Pasteur)
Mark Peakman (King's College London, UK)

"HLA-guided detection of autoreactive T cells in type 1 diabetes mellitus protein targets for immunotherapy"

jeudi 14 janvier 2010 (Collège de France)
Philippe Sansonetti (Collège de France)

"Vie bactérienne communautaire (2), l’union fait la force : les biofilms" 


2009

mardi 10 novembre 2009 (IHPST)
Thomas Pradeu (Paris 4)

"Quelle théorie pour le système immunitaire ?"


vendredi 30 octobre 2009 (Institut Pasteur)
Michel Goldman (Université libre de Bruxelles)

"Transplantation tolerance: A paradigm for translational immunology"


vendredi 23 octobre 2009 (Institut Pasteur)
Anthony de Tomaso (UC at Santa Barbara)

"Allorecognition & parasitic stem cells in the primitive chordate, Botryllus schlosseri"


 jeudi 22 octobre 2009 (Institut Cochin)
Bruno Kyewski (German Cancer Research Center, Heidelberg)

"How central is central tolerance?"

 

vendredi 09 octobre 2009 (IHPST)
Thierry Hoquet (Université Paris X-Nanterre, Paris)

"L'Origine des espèces : au prisme des traductions"
 


vendredi 26 juin 2009 (Institut Pasteur)
John Cambier (University of Colorado, Denver)

"Molecular underpinning of B cell anergy & its disruption by infectious agents"
 


jeudi 14 mai 2009 (IHPST)
Richard Delisle (University of Lethbridge, Canada)

"Les rapports (surprenants?) de Ernst Mayr avec l'empirisme logique et le mouvement pour l'unité de la science"
http://philbioihpst.free.fr/DelisleArticle.pdf
 

jeudi 7 mai 2009 (IHPST)
John Beatty (University of British Columbia, Vancouver, Canada)
"Rethinking the importance of chance variation"

In his 1989 book, "Wonderful Life", Stephen Gould offered the following thought experiment in order to express what he took to be the highly contingent nature of evolutionary outcomes: "I call this experiment 'replaying life's tape.' You press the rewind button and, making sure you thoroughly erase everything that actually happened, go back to any time and place in the past... Then let the tape run again and see if the repetition looks at all like the original." His expectation was that, "any replay of the tape would lead evolution down a pathway radically different from the road actually taken."

I will focus here on one particular source of contingency, namely, chance variation and the order in which it appears. Gould's emphasis on contingency was part of his case against the all-importance of natural selection. And my paper is also in part about how chance variation--as a source of contingency--undercuts the all-importance of selection. I will present a somewhat (perhaps overly?!) panoramic view of these issues, from Darwin's (changing) outlook, through the evolutionary synthesis, up to the present.

 

vendredi 13 Mars 2009 (IHPST)
Massimo Pigliucci (State University of New York)

"Evolutionary theory: the view from Altenberg"

Modern evolutionary biology began with the publication of Charles Darwin's Origin of Species in 1859. Since then, two major reassessments of the theory have taken place: the neo-Darwinian turn at the end of the 19th century (which definitely excluded Lamarckism), and the Modern Synthesis of the 1930s and '40s (which reconciled Mendelism, statistical genetics and Darwinism). For years now scholars have been hinting at the necessity of a new Extended Synthesis, building on the conceptual framework laid out during the middle of the 20th century while incorporating new empirical findings and theoretical advances that have occurred since. In this talk I sketch how an Extended Synthesis is beginning to shape, with contributions from fields such as evo-devo, genomics, ecology and complexity theory, and with the incorporation of new concepts like phenotypic plasticity, modularity and evolvability. This makes for much intellectual excitement, not to mention some elementary observation on the sociology and psychology of science.

2008


vendredi 19 décembre 2008
(IHPST)
Laura Nűno De La Rosa (Doctorante, Universidad Complutense & IHPST)

"The role of form in molecular biology: Conceptual parallelisms with developmental and evolutionary biology"


 Due to the hegemony of genetics, the vindication of the role of form in biology has been mainly posed against the belief in the molecular determination of morphology. As a consequence, the question of the irreducibility of biological form is usually found in the context of the confrontation between anti-reductionist epigenetic and reductionist molecular approaches. However, I claim that this debate has obscured a more fundamental question: Does molecular biology imply a reductionist 'anti-morphological' vision of the very biological macromolecules (i.e., proteins, DNA, RNA)? As a matter of fact, organic macromolecules are exemplar objects for theoretical biology, since genotype, phenotype, and function are different properties of a same entity (Stadler et al. 2001): DNA, RNA, and proteins are sequences of nucleotides or amino acids (genotype), but they only acquire a function when they fold into a three-dimensionalstructure (phenotype).

The goal of this talk is to unravel the ontological consequences of structural biology research programs, as well as explicit discussions concerning the nature of biological macromolecules, in order to evaluate whether they really fit with the common view of molecular biology. I will first analyze the definition of molecular form based on a variety of structural analysis techniques. Second, I will deal with the problem of the constitution of molecular form, i.e., the relationship between biomolecular wholes and parts. Third, I will explore the problem of the generation of macromolecular form, both in folding and in evolution. Finally, I will consider the many ways in which form relates to function in the molecular realm.

Through all these contexts, we will see that, despite the fact that molecular biology is claimed to be inherently reductionist, it actually faces problems surprisingly analogous to those posed by the morphological tradition at the organismal scale.

 

jeudi 11 décembre 2008 (IHPST)
Pierre-Olivier Méthot (doctorant en cotutelle à l'Université d'Exeter et à Paris 1)

"Comment penser les rapports entre la médecine et l'évolution? Une approche historique et épistémologique de la question"


 L'historien de la médecine William Bynum (1983) a déclaré qu'au même titre que la plupart des scientifiques du siècle dernier, les médecins doivent beaucoup à l'œuvre de Charles Darwin. Les défenseurs de la médecine évolutive sont aussi de l'avis que la théorie de l'évolution a une contribution importante à faire en médecine (Williams et Nesse 1991, 1995; Gluckman et Hanson 2005, 2006). Il est assez frappant de noter que, malgré les recommandations de la médecine évolutive et l'opinion de certains historiens, la pensée de Darwin ne semble pas avoir été à l'origine de changements importants dans le domaine médical comme c'est le cas dans d'autres secteurs des sciences de la vie. Pourquoi n'y a-t-il pas eu de révolution darwinienne en médecine? Dans cet exposé je présenterai d'abord, en les distinguant, les approches d'inspiration néo-darwinienne et néo-lamarckienne de la médecine qui se sont développées depuis les années '90. J'analyserai ensuite les raisons que ces auteurs proposent pour justifier l'émergence très récente de la médecine évolutive au sens large. Je suggérerai qu'une explication plus satisfaisante d'un point de vue philosophique est envisageable si l'on s'intéresse non seulement aux facteurs « externes» et « internes » qui aurait retardé l'articulation de la médecine à l'évolution, mais également aux particularités épistémologiques qui leur sont propres. Cela implique d'effectuer un bref retour vers la fin du XIXe siècle alors que la médecine devenait scientifique et que la théorie darwinienne de l'évolution se mettait en place. En distinguant les buts, méthodes et concepts mobilisés par la médecine et par la biologie de l'évolution, on réalise que ces disciplines ne portent pas tout à fait le même regard sur le vivant. Cette première approche historico-épistémologique du problème permettra de mieux comprendre pourquoi l'articulation de la médecine et de l'évolution ne va pas de soi.

vendredi 05 décembre 2008 (Institut Pasteur)
Gary Koretzky (University of Pennsylvania)

"Signals regulating immunoreceptor and integrin activation"

 

jeudi 04 décembre 2008 (IHPST)
Richard Burian (Virginia Tech University)

"Is Molecular Genetics Becoming Less Reductionistic?
Notes from recent case studies on mapping C. elegans and the discovery of microRNA"

 
Article
Présentation (power point)

My answer the lead question of the title of this talk is affirmative. But the point of the presentation is not simply to support this generic answer. Rather, I will explore some new findings bearing on how integrated networks regulate what genes 'do' in development – and how these understandings force geneticists to explain cellular and organismal traits and processes in ways that integrate environmental, cellular, and genetic causes. Put differently, given recent molecular findings, genetics must acknowledge diffuse causation of developmental processes and evolved phenotypes. (Part of the point: control of what genes 'do' involves parallel processing involving several distinct sorts of inputs, not just serial processing of genetic 'information'.) The result, I will argue, is a (weak) kind of (mechanistic) holism, incompatible with the strong genetic reductionism characteristic of the early days of molecular genetics. I will explore some methodological and epistemological consequences of these claims.
 

vendredi 21 novembre 2008 (IHPST)
Maureen O'Malley (University of Exeter)

"Varieties of living things: Life at the intersection of lineage and metabolism"
 


samedi 11 0ctobre 2008 (IHPST)
Alex Rosenberg (Duke University)

"Five challenges to genocentrism in molecular developmental genetics"
 


mardi 20 mai 2008 (IHPST)
Peter Godfrey-Smith (Harvard University, Boston)

"Replication, Reproduction, and Cultural Change"
 


vendredi 16 mai 2008 (IHPST)
Kim Sterelny (Australian National University, Camberra & Victoria University of Wellington)

"Evolvability Reconsidered"
(my impression)

mercredi 30 avril 2008 (IHPST)
Thomas Pradeu (IHPST)

"What is an organism?”
 

Elke Witt (Berlin)
“The concept and the construction of organisms”

 

 jeudi 27 mars 2008 (IHPST)
Philip Kitcher (John Dewey Professor of Philosophy, Columbia University, New York)

"Ethics after Darwin"
(my impression)
 

samedi 22 mars2008 (IHPST)
Anthony J. Steinbock (Professeur à l'Université de Carbondale, Southern Illinois University)

"L'expérience religieuse, le mysticisme et la question de l'évidence"

 

les jeudis, du 31 janvier au 27 mars 2008
 Anne Fagot-Largeaul (Professeur du Collège de France)
"Ontologie du devenir, 2" 


les mercredis, du 30 janvier au 27 février 2008
 Philippe Kourilsky (Professeur du Collège de France)
 "Les systèmes immunitaires dans l'évolution des espèces"
 

lundi 28 janvier 2008 (IHPST)
Minus van Baalen (Directeur du laboratoire "Fonctionnement et Evolution des Systèmes Ecologiques")

"Communication et évolution de la cooperation"

lundi 28 janvier 2008 (IHPST)
Dominique Guillo (Chercheur au laboratoire GEMAS)

"Sciences de la vie et sciences sociales : un regard historique"

jeudi 24 janvier 2008
(IHPST)
Steeves Demazeux (doctorant à Paris1 et à l'IHPST)

"Le normal et le naturel : la médecine mentale selon Christopher Boorse"




 

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